Klíšťová encefalitida (KE) je závažné onemocnění centrálního nervového systému. Původcem KE je virus klíšťové encefalitidy patřící spolu s řadou významných komáry přenášených virů (např. virus žluté zimnice, virus západního Nilu, viry Dengue) do čeledi Flaviviridae.

    Virus klíšťové encefalitidy ve vyskytuje ve třech subtypech: evropský, dálně-východní a sibiřský. Virové subtypy byly definovány na základě antigenních vlastností a později potvrzeny srovnáním nukleotidových sekvencí virového genomu. Evropský subtyp se vyskytuje na území západní, střední i východní Evropy (vyjma Pyrenejského poloostrova, Velké Británie, Irska a Beneluxu) a v částech jižní Evropy a Skandinávie. Dálně-východní forma se vyskytuje od Pobaltí přes Rusko, Čínu až do Japonska. Rozšíření sibiřského subtypu viru je omezeno zejména na západní Sibiř. V oblasti Pobaltí a západních částí Ruska ko-cirkulují kmeny evropského a dálně-východního subtypu.

      Hlavním vektorem evropského subtypu je klíště Ixodes ricinus, zatímco dálně-východní a sibiřský subtyp jsou přenášeny zejména klíštětem I. persulcatus. Kmeny evropského subtypu jsou spojovány s relativně lehčím průběhem onemocnění s nižší mortalitou (1-5 %), zatímco onemocnění vyvolaná dálně-východním subtypem mívají těžší průběh s vyšší mortalitou (5-35%). Onemocnění vyvolaná sibiřskou formou viru bývají spojována s perzistetní infekcí a chronickým onemocněním s pomalejším průběhem. Ovšem rozdíly v průběhu onemocnění mohou být vysvětleny i jinými faktory jako různá úroveň diagnostiky či zdravotní péče.